El actual equipo no habrá cumplido ni cinco años al frente de la institución. El rector, Alfonso Palos, fue designado en 2011 y su vicerrector, Sergio Pérez, asumió el cargo un año después. También será relevado el director espiritual, José María Navarro, que lleva desde 2008 en sus actuales funciones tras 31 años de servicio como párroco en Mezalocha.

El rector del seminario no quiso hacer declaraciones, se limitó a señalar que la decisión "aún no es oficial" y remitió al arzobispado. Oficialmente, desde la diócesis se manifestó que habrá relevo e hicieron hincapié en que se trata de una decisión "normal", dentro de la realidad institucional. "Es normal, el arzobispo Ureña también nombró a la actual dirección del seminario", insistieron.

En las instalaciones situadas junto al tercer cinturón y el Hospital Militar se forman los seminaristas llamados a servir dentro de unos años en tres diócesis, las de Zaragoza, Barbastro-Monzón y Teruel y Albarracín. Todos ellos realizan sus estudios en el Centro Regional de Estudios Teológicos de Aragón, afiliado a la Universidad Pontificia de Salamanca.