Sus defensores aseguran que es mejor que muchas de las construcciones que se hicieron para la Expo; sus detractores, en cambio, piensan que resulta muy agresivo con el entorno y que la intención del arquitecto no ha sido otra sino dejar su impronta. Pérez Latorre sortea la críticas diciendo "lo que se dice al acabar una vida: que has querido a los que te han querido y lo que no? pues qué se le va a hacer". Asegura Latorre que no hay nada arbitrario en el nuevo Pablo Serrano y que todos los volúmenes son producto de una reflexión intensa en torno a las posibilidades de la arquitectura moderna.

El autor del proyecto es, además, abonado a las controversias porque ya fue creador de otras discutidas obras como el Cubo del Foro Romano o el Auditorio de Zaragoza. También, de vuelta a la 'dimensión Expo', el actual edificio de la CREA, el que representó a Aragón en la muestra de Sevilla, lleva su firma.

Respecto a su nueva creación, las opiniones están divididas. Mientras unos califican al museo de "nuestro pequeño Guggenheim", otros critican las "obras faraónicas innecesarias en los tiempos que corren". Hay voces que dicen que el edificio está fuera de escala o que hay en el proyecto más intención de hacerse notar que de hacer ciudad. De hecho, en la web www.skyscrapercity.com, foro de muchos profesionales, puede leerse comentarios tan sangrantes como que "lo único bueno será que cuando llueva tendremos una cascada artificial en pleno centro que servirá para lavar los coches aparcados en el paseo".

En la citada página hay más de 1.300 comentarios en los que se discute si el gusto es un criterio, si parece un 'Transformer', o si el esmalte turquesa 'mata' o no al conjunto. Quienes quieran echar un capote a los autores, invitan a no juzgar hasta no ver el interior del museo, donde se han creado espacios expositivos funcionales, limpios y amplios. Las salas tienen techos de 6 metros de altura y no hay pilares que interrumpan la visión. En este punto se inicia otra discusión en torno al contenido y continente, porque muchos ciudadanos desconocen con qué piezas 'llenará' la DGA este especialísimo equipamiento.