El mallorquín, que en la tercera sesión de libres hizo 1:55.476, volvió a rebajar ese tiempo en la segunda vuelta de la segunda clasificación –1:55.238–, y aún se convirtió en el único piloto en romper la barrera de los 55 segundos par establecer una espectacular marca de 1:54.989, que le adjudicaba su segunda ‘pole’ de la temporada, después de la de Jerez de la Frontera. Junto a él en la primera línea de la formación de salida de la prueba de la República Checa estarán Marc Márquez (Honda) y el italiano Valentino Rossi (Yamaha).

Los últimos entrenamientos libres, la cuarta sesión, que en realidad sirve para terminar de poner en su sitio las motos para las fases de clasificación, volvió a vivir el dominio de los pilotos de Yamaha, una vez más con Lorenzo como líder, secundado a milésimas de segundo por Rossi. Marc Márquez colocó su Honda en la tercera posición, pero a casi dos décimas de segundo del mallorquín.

Pol Espargaró (Yamaha) y el británico Cal Crutchlow fueron quienes lograron el pase desde la primera a la segunda clasificación, quedándose fuera la Suzuki de Aleix Espargaró, la Honda del inglés Scott Redding o la Ducati del italiano Danilo Petrucci.

Desde las primeras vueltas de los cronometrados definitivos, y ya con neumático blando, Lorenzo se puso al frente de la tabla con un registro de 1:55.238, por delante de Marc Márquez (1:55.549) y del italiano Andrea Iannone (1:55.805), mientras que a Rossi le costó coger el ritmo. Tras entrar a su garaje a cambiar de neumático, protagonizó el séptimo mejor tiempo.

Dos vueltas más tarde Rossi pasó a ser cuarto, a poco más de seis décimas de segundo de su compañero de equipo, quien en apenas dos giros ya había vuelto a establecer un nuevo récord del circuito para la categoría, con una ventaja más que sensible de tres décimas de segundo sobre Márquez. Pero aún aumentó la distancia en su quinto giro, con un espectacular 1:54.989.

La segunda mejor clasificación de la temporada estaba sentenciada en favor de Jorge Lorenzo, si bien el actual campeón del mundo se quedó a escasamente 74 milésimas de segundo y Rossi, algo más atrás, se tuvo que conformar con completar el trazado y acabar tres décimas de segundo por detrás de su Lorenzo.

En la segunda línea de la formación de salida finalizaron los dos pilotos de las Ducati Desmosedici oficiales, Andrea Iannone, cuarto, y Andrea Dovizioso, sexto, con el británico Bradley Smith (Yamaha) entre ellos.

El italiano Niccolo Antonelli (Honda) ganó la batalla de los rebufos y sorprendió a la totalidad de los favoritos de Moto 3 al conseguir su mejor vuelta rápida en el último giro. Marcó un mejor tiempo de 2:07.667 y superó con ello por apenas dos milésimas de segundo al líder del Mundial, Danny Kent (Honda), y en 33 al español Jorge Navarro.