El conjunto monástico de la Cartuja se encuentra "muy cerca de la ruina" o en ruinas, en el caso de algunas dependencias como las antiguas celdas de los monjes, de las que solo quedan escasos indicios de su localización, según el arquitecto de la Diputación, Daniel Zabala. Los muros de la iglesia, hechos con fábrica de ladrillo, están más consolidados, pero las cubiertas también presentan muy mal estado. Este es ahora mismo el principal problema, ya que debe garantizarse la protección de las pinturas murales ante las inclemencias del tiempo, y a ello irá destinado el primer presupuesto.

Los 2.500 metros cuadrados de frescos que pintó el fraile Manuel Bayeu, cuñado y discípulo de Goya, son precisamente el principal patrimonio de la Cartuja y una de las razones más importantes de su declaración como Bien de Interés Cultural. Daniel Zabala valoró el interés del inmueble, de comienzos del siglo XVI, y lo calificó como "uno de los ejemplos modélicos de la arquitectura cartujana, y teóricamente mucho mejor que la de Aula Dei en Zaragoza o la de la Concepción". Su emplazamiento en medio del paisaje de los Monegros también le da singularidad.

Cuando el departamento de Patrimonio Cultural del Gobierno aragonés rechazó la adquisición, cifró en 16.488.560 euros el coste de las obras de restauración necesarias. Sin embargo, el arquitecto prefiere no realizar una valoración. El técnico avanzó que la recuperación "no será de la noche a la mañana" e insistió en que se necesita intervenir en lo que más peligro corre, las pinturas, al tiempo que se redacta el plan director para marcar la hoja de ruta de todo el proceso de la rehabilitación. Según él, el monumento requiere de lo que llamó ‘las tres pes’: "planificación, presupuesto y paciencia".