Muchos vecinos de Borja han mostrado su preocupación ante el corte masivo de pinos en el santuario de la Misericordia e incluso algunos se han dirigido al ayuntamiento en busca de una explicación. Sin embargo, la tala y esclarecimiento, que afecta a millares de árboles, ha sido ordenada por el departamento de Medio Ambiente del Gobierno de Aragón ante una enfermedad que afecta a los pinos y que ha puesto en peligro la masa forestal de la zona.

En octubre de 2007, el Servicio Provincial de Medio Ambiente de la DGA comunicó al Ayuntamiento de Borja la gravedad en la que se encontraban los pinares de los montes públicos de la Muela Alta y Muela Baja, donde se ubica el Santuario de la Misericordia, debido a que un hongo y unos insectos taladradores estaban atacando a los pinos con gran virulencia hasta el extremo de que cerca del 40% del arbolado estaba ya muerto.

Este parásito, que se llama 'sirococus', ataca al interior del tronco del árbol. Y aunque a simple vista no parece afectado, ya que la copa conserva su verdor, las ramas bajas se secan y el tronco debilitado se parte ante cualquier inclemencia del tiempo.

Durante el año 2008, técnicos del departamento intervinieron en el paraje conocido como Valcardera donde se realizó una limpieza exhaustiva que el propio servicio provincial valoró como "muy positiva", según señaló el alcalde de Borja, Eduardo Arilla. Este año se ha planificado para su tratamiento la zona del Santuario de la Misericordia y el paraje del Raso, que es la zona más antigua del pinar. La actuación afectará a 60 hectáreas de pinar, aunque el proyecto llegará hasta el centenar de las 140 hectáreas de pino que hay en el monte de la Muela. La tala afectará a un 40% de los pinos, con una media de 2.200 árboles por hectárea.

La situación de los árboles enfermos provoca también su inestabilidad, lo que según el departamento de Medio Ambiente es muy "preocupante", ya que hay que garantizar la seguridad de los viandantes que circulan por los caminos de ese monte. Con esta actuación se permitirá la regeneración del monte, ya que el esclarecimiento ayuda a que prosperen especies autóctonas como la carrasca.

Tras su tala, los troncos son retirados para madera mientras que las ramas superiores se trituran y se dejan en el suelo para crear un manto vegetal para el crecimiento de nuevos brotes aportados por los piñones. El ayuntamiento ha indicado que la financiación de esta tala se lleva a cabo con el aprovechamiento de la madera que se vende a una empresa y con la aportación del Fondo de Mejora de los Parques Eólicos existentes en los dos montes.

Sin embargo, miembros de la asociación Ades Geótica, que defiende la naturaleza, su promoción y conservación, han manifestado su rechazo a esta intervención al considerarla "salvaje e indiscriminada". Han pedido al consistorio que ponga fin a este "bárbaro aclareo" que no hace sino "mermar la riqueza ecológica de los montes".