Como da a entender su nombre, Alfajarín, en la Mancomunidad Central de Zaragoza, comienza su historia en época musulmana. De esta primera época se conserva parte de la muralla, que fue reconstruida en el siglo XIV cuando la localidad pasó a manos de la familia Cornel tras su reconquista. Una historia parecida a la del castillo, construido en el siglo XI pero que perteneció a los Cornel durante los siglos XIII y XIV. En 1383 se produjo uno de sus episodios más conocidos cuando Luis Cornel y Brianda de Luna, casada con otro noble, se refugiaron aquí y fueron asediados por las tropas del rey Pedro IV. Sin embargo, unos años después el matrimonio se disolvió y los dos amantes pudieron casarse.
Otro lugar con historia en Alfajarín es la iglesia de San Miguel, en cuyo lugar se alzaba la antigua mezquita. Aunque hoy se puede ver una iglesia barroca del siglo XVIII, su origen es mudéjar, como atestigua su torre fortificada.