El Servicio de Microbiología del Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa ha secuenciado más de 90 cepas como método de control epidemiológico de las resistencias bacterianas en poco más de un año desde que introdujera la secuenciación completa del genoma bacteriano (WGS).

Se trata de bacterias seleccionadas "de pacientes muy concretos con unos perfiles de resistencia que no son frecuentes y que desde Vigilancia Epidemiológica se recomienda una vigilancia exhaustiva”, como explica Jessica Bueno, facultativa del Servicio de Microbiología del Hospital Clínico, para evidenciar la importancia de la cifra.

El objetivo de esta técnica puntera es detectar genes relacionados con mecanismos de resistencia a los antibióticos, como beta-lactámicos, por la producción de carbapenemasas, y beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) o resistencia a vancomicina, que limitan las opciones terapéuticas de las infecciones producidas por bacterias portadoras y así "controlar mejor las infecciones” y "seleccionar el tratamiento antibiótico más adecuado”, añade la especialista.

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Esta técnica es un proceso laborioso que se desarrolla a lo largo de 3-5 días en condiciones de seguridad biológica y cuya puesta en marcha ha requerido formación, entrenamiento, personal cualificado y equipamiento tecnológico, explica en una nota el Gobierno de Aragón.

Una técnica puntera que tiene aplicaciones en diversos campos de la Medicina, como la Genética o la Microbiología, ámbito en el que puede ser aplicada al diagnóstico de las enfermedades infecciosas ya que permite identificar a un agente infeccioso, detectar cambios en su genoma y realizar comparaciones de su secuencia de ácido nucleico con otros agentes.

Esta herramienta también tuvo una notable importancia en el control de la pandemia SARS-CoV-2, que aceleró la implantación de estas técnicas de secuenciación en los laboratorios clínicos.

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La técnica de secuenciación masiva fue introducida en la cartera de servicios del Servicio de Microbiología del Hospital Clínico en abril de 2021, fecha desde la que se han secuenciado casi 1300 genomas de SARS-CoV-2 que han permitido detectar las VOC y conocer las variantes que circulan actualmente en nuestro medio: Ómicron BQ.1,1, BQ.1 y XBB-2.

La secuenciación aplicada a SARS-CoV-2 ha posibilitado hacer un seguimiento epidemiológico de las variantes que han circulado y circulan, especialmente de los brotes, de los casos graves de mala evolución, de las reinfecciones y de los fracasos vacunales.

La secuenciación aleatoria ha permitido detectar las variantes que han ido apareciendo como consecuencia de las constantes mutaciones en su genoma.

Además, se han podido identificar las variantes de preocupación (VOC) en salud pública, por incorporar mutaciones que pueden afectar a las propiedades biológicas de los virus como virulencia, transmisibilidad, escape a la inmunidad tras infección o tras vacunación, al descenso en la sensibilidad de las técnicas diagnósticas como la PCR o la detección de antígeno o a la eficacia de los posibles tratamientos con antivirales.

La disponibilidad de la secuenciación ha posibilitado que el Servicio de Microbiología del Hospital Clínico esté participando en el proyecto europeo Relecov 2.0, liderado por el Instituto Carlos III (ISCiii) para proporcionar fondos para la consolidación de la secuenciación y actividades de PCR de SARS-CoV-2.

Este Servicio pretende seguir ampliando la secuenciación a otros ámbitos como el estudio de la microbiota y su posible relación con determinadas enfermedades y el diagnóstico y la vigilancia epidemiológica de otros agentes infecciosos.