Las consecuencias políticas que dejó la insurrección de 1934 fue la detención de todo el gobierno de Companys, la clausura del parlamento autonómico, la suspensión del Estatuto de Autonomía y la inhabilitación de muchos alcaldes. En el juicio seguido en el Tribunal de Garantías Constitucionales (antecedente del actual Tribunal Constitucional), el 6 de junio de 1935 se condenó a Companys y los miembros de su Gobierno por cargos de rebelión a 30 años de prisión, además de inhabilitación absoluta.

No obstante, Companys fue liberado con la llegada al poder del Frente Popular tras las elecciones generales de febrero de 1936. El estallido de la guerra civil, el 18 de julio, le cogería de nuevo al frente de la Generalitat. En los primeros meses condenó "los actos de terrorismo" y "los actos que se cometen al margen de la Justicia". En febrero de 1939, ante el inminente control de toda Cataluña por las tropas de Franco, Companys cruzó los Pirineos marchando al exilio en Francia.

Llegó a París, pero en la capital francesa las autoridades le rechazaron por su radicalismo y por agitar a las masas de refugiados. Abandonó la ciudad en junio de 1939. Ocupada una parte de Francia por los nazis, estos recibieron del nuevo Gobierno de Franco una lista con 800 nombres para su detención y entrega a las autoridades del régimen. Entre ellos figuraba Companys, que fue detenido por la Gestapo en Bretaña el 13 de agosto y entregado el 29 de agosto.

El detenido fue trasladado a la Dirección General de Seguridad de Madrid, donde permaneció hasta el 3 de octubre. De allí fue enviado al castillo de Montjuic, en Barcelona, que entonces servía de prisión. Fue juzgado en consejo de guerra sumarísimo y sin garantías el 14 de octubre por "adhesión a la rebelión militar". Franco dio el "enterado" a su sentencia de muerte y fue fusilado al alba del día siguiente, 15 de octubre.