En 'Mecha corta', el primer capítulo de la noche de 'Navy: investigación criminal', una mujer marine y especialista en desactivación de bombas asesina a un intruso que había entrado en su casa. En su declaración, la experta afirma que estaba sola en su domicilio en el momento del allanamiento, pero las pruebas recogidas en la escena confirman lo contrario. Gibbs tratará de persuadirla para que confiese quién se encontraba con ella y por qué trata de ocultarlo.

En el segundo capítulo, 'El último hombre en pie', con Leon Vance como nuevo director del NCIS y el antiguo equipo disuelto y enviado a diferentes misiones, Gibbs tiene que aprender a trabajar con los nuevos agentes que le han asignado. Entre ellos podría encontrarse un traidor, y descubrirle será la misión del director y de su equipo encubierto.

Por último, con 'Agente a bordo', el departamento vuelve a recobrar la alegría con el regreso de Ziva y McGee, pero DiNozzo aún está destinado en un buque de la Marina y su vuelta no está prevista hasta dentro de unas semanas. Sin embargo, el supuesto suicidio de un oficial en el barco en el que viaja lleva al agente a retomar la relación con sus antiguos compañeros.