El actual órgano del Pilar, construido por la compañía alemana Klais en 2008 e inaugurado solemnemente el 12 de febrero de 2008, tiene 71 registros y 5.391 tubos, de los que 4.951 son de estaño y el resto de madera. Cuando se instaló este nuevo instrumento se aprovechó para acondicionar y limpiar la monumental caja renacentista, que fue ampliada en 1937 por Teodoro Ríos Balaguer. La firma Klais colocó los tubos dentro de la caja y confeccionó los paneles de madera que faltaban, algunos de ellos realizados por el escultor turolense Manuel Escriche. El órgano ganó así en sonoridad, elegancia y belleza. Los especialistas señalan que a un instrumento de estas características hay que hacerle cada 15 o 20 años una limpieza en profundidad del polvo acumulado.

Los primeros órganos, tanto del Pilar como de la Seo, son de la segunda mitad del siglo XV y primeros años del XVI. Por aquél entonces, los cabildos de ambos templos zaragozanos estaban divididos y rivalizaban entre sí.

A finales del XIX, se inician una serie de cambios al ritmo que marcan los avances científicos aplicados a la interpretación musical. En primer lugar, los hermanos Roqués (1856) instalaron un nuevo órgano en el Pilar; estaba dotado de una palanca neumática para aligerar la transmisión mecánica del instrumento. Un incendio producido por un rayo lo destruyó. Posteriormente, estuvo almacenado en una granja mientras se realizaban obras en la basílica; era la primera mitad del XX y entonces cambió el emplazamiento del instrumento al fondo de la nave central. Tras 30 años de almacenamiento, todo el material estaba muy deteriorado. El órgano había llegado a un estado de deterioro tan lamentable que era necesaria una solución definitiva. Lo único que sería conservado y restaurado fue la caja renacentista (1529-1530) del órgano. Hoy en día se conservan muy pocas en Europa.

El Cabildo zaragozano, asesorado por expertos, como Jesús Guridi, Otaño, Echeveste o Zubizarreta, decide construir un órgano totalmente nuevo, lo más grande y suntuoso posible, adaptando la caja renacentista que sí se conservaba. Este gran órgano era de transmisión electro-neumática y fue construido en dos etapas: Juan Dourte (1937-1943) y Organería Española S.A., (1948-1950). Fue inaugurado por Zubizarreta el 27 de mayo de 1950. Es tres veces más grande que el órgano anterior de Roqués.

Tras la II Guerra Mundial, muchos templos europeos, después de instalar enormes órganos totalmente nuevos con el sistema de transmisión eléctrica, el cual ya resulta hoy obsoleto e irreparable, optaron por deshacerse de ellos y construir en su lugar instrumentos totalmente nuevos.

Víctima de un atentado

La explosión de un artefacto explosivo el 2 de octubre de 2013 en la basílica del Pilar, a manos de los anarquistas chilenos Francisco Javier Solar Domínguez y Mónica Andrea Caballero Sepúlveda, levantó una gran polvareda que, entre otros efectos perniciosos, afectó seriamente al órgano del templo. Desde el 13 de julio de 2014 se trabajó en las tareas de desmontar, limpiar, afinar y volver a colocar en la misma posición, uno a uno, los 5.391 tubos del instrumento, en una operación compleja y minuciosa en la que participaron seis profesionales venidos de Alemania, que limpiaron en tres semanas 1.500 tubos del órgano del Pilar, para posteriormente continuar el trabajo hasta inicios de octubre. La reparación del órgano ascendió a 123.750 euros y los trabajos en carpintería costaron más de 10.000. Aparentemente el órgano no sufrió daños físicos exteriores en la explosión de la bomba. Por ello no se consideró sustituir ninguna pieza; sí se cambió el ordenador interior, que resultó afectado. El órgano volvió a sonar antes de las Fiestas del Pilar de 2014.

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