La cofradía de la Vera Cruz fue, tal vez, la más antigua de las cofradías penitenciales de  Zaragoza. Tuvo su sede en el desaparecido convento del Carmen, que hacia 1450 recibió la donación de un fragmento de Lignum Crucis por la reina María de Castilla. La creación de la cofradía debió tener lugar entre esa fecha y los años en torno a 1536. En cualquier caso, el documento más antiguo que existe sobre esta hermandad data de 1551, cuando consta su salida procesional para la festividad de la Cruz de septiembre. Cada Jueves Santo organizaba una procesión de flagelantes que acompañaban la mencionada reliquia. Sus integrantes presentaban cierto nivel social, pues entre las listas de hermanos aparecen mercaderes, notarios, ciudadanos… e incluso algún noble, como don Juan de Funes, marqués de Osera y barón de Quinto, que como mayordomo de la Vera Cruz introdujo el acto o procesión del Santo Entierro, que desde 1617 pasó a organizar la Sangre de Cristo. Salió en procesión con regularidad a lo largo de los siglos XVI y XVII, constando como última salida la del año 1670.

La cofradía de la Soledad de Zaragoza fue fundada en 1579 en el convento de mínimos de la Victoria, cuyos restos todavía se conservan integrados en el Museo del Fuego y de los Bomberos. El fundador fue don Martín de Bolea y Castro, barón de Siétamo, que como paje en la Corte había conocido de primera mano la reciente devoción a la Virgen de la Soledad. A su regreso a Zaragoza se decidió a crear una hermandad semejante a la madrileña. En esta cofradía ingresó buena parte de la nobleza zaragozana, como el conde Fuentes o el barón de Gurrea, y de hecho los dos mayordomos que la regían debían pertenecer obligatoriamente a este estamento. Hacían procesión de disciplina el Viernes Santo acompañando la imagen de la Virgen (que aparecía arrodillada, en oración, con tocas blancas de viuda y manto negro) y otros pasos que empezaron a encargar desde 1600. La cofradía debió desaparecer en el último tercio del siglo XVII, si bien la devoción a la imagen de la Virgen se mantuvo a lo largo del siglo XVIII.

La cofradía de los estudiantes tuvo una existencia breve, de apenas medio siglo. Fue fundada en 1597 en el convento de San Agustín, cuya fachada todavía se conserva integrada en el Centro de Historias y la biblioteca municipal María Moliner. Se puso bajo la advocación de San Gregorio y Santa Elena y estaba reservada a personas vinculadas al mundo de la Universidad de Zaragoza (doctores, licenciados, bachilleres, estudiantes…). Aunque no fue una cofradía exclusivamente penitencial, sus ordinaciones prescribían salir en procesión la tarde del Miércoles Santo. Los primeros años lo hicieron, no obstante, el Martes Santo. Su cortejo se componía de penitentes y hermanos con hachas y los pasos del Nazareno (Jesús con la cruz a cuestas) y Santa Elena, madre del emperador Constantino, que según la tradición cristiana localizó la verdadera cruz de Cristo.