El Ayuntamiento de Zaragoza ha tenido ocasión ya de analizar los diferentes borradores que iba elaborando el Tribunal de Cuentas sobre la gestión municipal de la Expo. El órgano fiscalizador se los fue enviando al equipo que dirige Juan Alberto Belloch para que pudiesen aclarar las circunstancias que se denunciaban, antes de su aprobación definitiva. Llama la atención que el Ayuntamiento en algún caso, en vez de negar los aspectos denunciados en el informe, lo que hizo fue intentar trasladar la responsabilidad a la sociedad estatal. Por ejemplo, según el informe, una de las alegaciones que envió el equipo de gobierno municipal concluye que "no hubo cesión por el Ayuntamiento sino extralimitación de Expoagua Zaragoza 2008 en sus atribuciones". Esta alegación corresponde a las críticas que hace el Tribunal de Cuentas por las encomiendas de gestión.

En el informe se explica cómo el Ayuntamiento, pese a que tenía la obligación de "ejercer su competencia" en temas clave como "la aprobación de proyectos, el control y emisión de las certificaciones de obra y la revisión de obras o su recepción", no siempre lo hacía.

Según el Tribunal, el Ayuntamiento en una de sus alegaciones "reconoce que los proyectos de ejecución de las obras se remitían al Consistorio una vez adjudicados los contratos e iniciadas las obras". Pese al argumento municipal de que fue responsabilidad de Expoagua al extralimitarse, el Tribunal recalca que el Ayuntamiento en ningún momento manifiesta que eso "provocara otra cosa que la asunción de las actuaciones irregulares".