El creciente malestar dentro del PAR por la falta de interlocución con las direcciones nacional y regional del PP y el distanciamiento con Moncloa y con el propio Gobierno central ha llevado al presidente aragonesista, Arturo Aliaga, a remitir una carta a Mariano Rajoy ante la gravedad de las malas relaciones entre ambos partidos. El dirigente del PAR esperó hasta mediados de enero para dirigirse al presidente de España ante la situación en Cataluña y pese a que el deterioro de las relaciones entre los dos partidos ya era evidente. Incluso hay responsables territoriales del PAR que hablan de "ninguneo consciente" por parte de los populares en su conjunto, principalmente por el Ejecutivo central. Rajoy todavía no ha contestado a Aliaga y ni Moncloa ni Génova ni el PP-Aragón han propuesto hasta ahora una reunión para intentar reconducir la situación, aunque Luis María Beamonte, presidente regional de los populares desde marzo de 2017, sí que ha mantenido contactos con Arturo Aliaga en las últimas semanas.

En la misiva, Aliaga reclama que tanto los populares como el Ejecutivo estatal cumplan con los acuerdos suscritos entre ambos partidos para Aragón y para el Congreso, el Senado y las Cortes autonómicas. Los pactos fueron firmados por Aliaga, Rajoy y Luisa Fernanda Rudi en noviembre de 2015 para las elecciones generales de ese año y ratificados en mayo de 2016 para los nuevos comicios nacionales.

El distanciamiento entre ambos partidos comenzó hace más de un año y se ha ido agravando en estos últimos meses tanto por cuestiones institucionales, como políticas y de partido. Varias de las razones de esta crisis entre los que fueran socios de gobierno en Aragón y comparten ahora grupo parlamentario en el Senado están directamente relacionadas con los compromisos para desarrollar la coalición electoral PP-PAR en los ámbitos de gobierno y parlamentarios, pero principalmente en las medidas, actitudes y actuaciones que han mantenido los miembros del Gobierno de Rajoy en cuestiones muy relevantes para la Comunidad Autónoma.

Entre ellas están: el conflicto de los bienes de Sijena; el bloqueo de Méndez de Vigo al Archivo de la Corona de Aragón: la ausencia de información de las actuaciones previstas para Aragón por el Ministerio de Fomento; la falta de negociación de las prioridades y de las partidas para Aragón en los presupuestos estatales y en su ejecución; en la gestión de la reserva hídrica de Aragón y en la futura regulación del PHN ante la posible amenaza de trasvases; y en materia de infraestructuras, como las inversiones para reabrir el Canfranc y retomar la Travesía Central.

Además, el PAR está muy descontento con los asuntos relativos al desarrollo del Estatuto, al bloqueo a la comisión bilateral para pactar temas de interés general para Aragón, como la reforma de la financiación autonómica, y la poca defensa del Gobierno central ante el "preocupante futuro de la central de Andorra".

En este contexto es relevante que Aliaga se queje a Rajoy de que en el pleno que celebró el Senado para aprobar la aplicación del 155 en Cataluña, al que él mismo asistió y a pesar de las gestiones con el responsable del grupo popular en la Cámara Alta, el PAR fue el único de los socios del PP que no pudo explicar su apoyo a la medida adoptada por el Gobierno de España porque los populares no le prestaron tiempo para su intervención. Otra reclamación de Aliaga es la participación del PAR en las propuestas para reformar la Constitución y la ley electoral, porque tienen incidencia directamente en Aragón y en su partido.

Asimismo, y en el ámbito regional, dentro del PAR hay voces que piden romper con el PP tras la moción de censura de La Muela que han promovido el PP y ediles aragonesistas a espaldas del PAR y al considerar que el fichaje de exdirigentes aragonesistas en la provincia de Zaragoza (entre ellos el de Máximo Ariza, el que más ampollas ha levantado,) y los intentos con cargos públicos del PAR en ayuntamientos y comarcas, es "una estrategia de acoso y derribo como la de 1999. Un hecho que facilitó que el PAR pactara con el PSOE y dejara al PP doce años fuera del Gobierno de Aragón". Este punto es especialmente importante por la pugna que habrá para las listas electorales de 2019, por la presencia territorial, el auge de C’s y para los pactos de gobierno.